一般情况下，5级、6级洁净区控制温度为20℃～24℃，相对湿度为45%～65%;7级、大于7级洁净区控制温度为18℃～28℃，相对湿度为50%～65%。对洁净室温、湿度无特殊要求时，温度应控制在18℃～26℃，相对湿度控制在45%～65%。

此外，空气气流速度、送风量和新风量要符合净化室实验设施和人员的要求。

因为净化实验室是一个相对独立密闭的空间，在保持温度、湿度、空气流速流量的同时，还要采取措施补偿室内排风和保持室内正压（或负压）值所需的新鲜空气量。

随着洁净度要求的不断提高，还需要用到过滤器， 那么要求空气处理机组也至少要配置初效、中效、亚效过滤器系统。

这样对机组的强度要求更高， 对空气处理机组送风机的压头会更大，而对于生物洁净实验室，含菌量也是主要控制参数之一。

在空气净化处理方法上一般应增加过滤器，不仅可以有效的滤去空气中的尘埃，也可以阻断细菌和病毒在空调系统中传播和扩散，特别是过滤器对于大气中浮游的病毒、细菌的捕捉效率实际上能达到目标，也可采用有效防止过滤器细菌滋生的过滤器。如含抗菌剂INTESEPT的过滤器、二氧化钛过滤器等，过滤器要定期更换。